Университет школы Эврика — одно из крупнейших образовательных событий в жизни школы «Эврика-развитие». В начале сентября проходит Университет подростковой ступени. Ребята проектируют Университет, разрабатывают структуру и содержание интересных для них факультетов вместе с тьюторами на Сентябревке подростковой школы. В 2018 году открывались факультеты фермерства и сельского хозяйства, психологии, экономики, филологии, дизайна, кинематографии, кулинарии, журналистики, авиамоделирования, неонатологии, озеленения и ландшафтного дизайна, программирования, педагогический, военно-спортивный, туристический Томск и музыкальный Томск. Главные черты Университета школы Эврика — свободный выбор направления и факультета, разновозрастное взаимодействие, открытость школьной, городской и настоящей Университетской среде, серьезность продуктных и научных намерений студентов. Университет завершается публичной презентацией результатов и продуктов интенсивной двухдневной научной и профессиональной деятельности подростков, обменом впечатлений и планов на индивидуальные проекты Творческого экзамена подростковой школы.